Таких людей ошибочно определяли как синоби, щиноби или шиноби — происходит от японского «синобу» — незаметный, и «муун» — терпеть, не желать. Они были невидимками не по своей воле, а по необходимости. Синобу — люди, которые что-то не поделили с местными правителями-землевладельцами (феодалами). Синобу их называли в результате феодальных гонений. Они оседали подальше от городов, часто глубоко в лесах. Так как они хотели выжить, то по возможности избегали распрей. Необходимость быть невидимыми появилась из потребности выжить в сложных условиях, практически в тылу врага. Крупным отрядам противника в открытой войне противопоставить одиноким воинам или целым семьям, было нечего, вследствие чего они приобретали навыки скрытности. Их потомки, приносили кланам прибыль, применяя свои навыки за щедрую оплату. Как раз их-то и стали величать ниндзя.
Ниндзя часто выполняли всевозможные заказы, например: украсть важный документ или вещь, устранить неугодного, сорвать важные переговоры, шпионаж и саботаж. Поэтому частенько их услугами пользовались разные кандидаты в императоры (сёгуны), как хорошим и главное эффективным инструментом для победы на предстоящих выборах. Конец времени расцвета ниндзя наступил, когда сёгун Токугава, завершив междоусобицы в Японии с помощью её объединения, принял решение избавиться от такого опасного смертоносного оружия, имеющего возможность серьезно подорвать и его власть, как он, используя ниндзя, ослабил власть своих соперников. Он грамотно стравил ведущие кланы, и они перебили друг друга, а выжившие, присягнув Токугаве, начали служить ему как личные убийцы (ассасины).
Про ниндзя существует множество баек тех времён, якобы они умели бегать по поверхности воды и макушкам деревьев, даже владели телепортацией и перемещением под землёй наподобие кротов, но с более высокой скоростью, призывать духов, прочитать мысли и много других невероятных навыков. К примеру, известен случай, когда неприступно охраняемого самурая ниндзя ожидал в туалетном срубе по самые уши в фекалиях и когда наконец дождался, то устранил его копьём в пятую точку. Следующий смертельный трюк — подкинуть к воротам котёнка с пропитанным ядом когтями, супруга хозяина подбирала его, и спустя некоторое время половина семьи умирала в жестоких мучениях. Ещё пример — спускание яда по тонкой веревке с потолка в ухо или рот спящего и жертва больше не просыпалась. Стал известен случай, когда ниндзя, используя куклу на тонких веревках, заставил охрану замка уверовать в то, что он умеет летать. Ниндзя старались создавать себе репутацию сверхсуществ с всевозможными магическими способностями, для чего распускали нужные слухи, использовали разные маски и другие устрашающие приемы.
Потому, если неуловимого ниндзю удавалось отловить, то сначала его четвертовали, потом сжигали, пепел развозили по разным уголкам страны и развеивали, чтобы он не смог собраться обратно или не восстал из могилы.
Аналогичные сказки пользовались большим спросом у японской школьников, а благодаря кинематографу стали популярны и во всём мире.
В давней Японии шпионаж имел разделение на следующие виды: Ё-нин и Ин-нин, в переводе «Светлый» и «Тёмный». Ё-нин — стратегия и тактика, методика создания шпионских сетей, обработки информации, составление прогноза ситуации. В результате, ё-нин — это обычная политика. Этому обычно обучали политиков и командиров армий — а поскольку в феодальной Японии того времени эти должности были часто совмещены, то ё-нин преподавался в семьях правящих династий.
Ин-нин — комплекс конкретных методик получения информации, приёмы дислокации на территорию противника с правдивой легендой, применение трюков для отвлечения стражи, способов подслушивания и подсматривания, отрыва от погони и так далее. Ещё, самого агента обучали навыку переодевания (хэнсо-дзюцу), копирования голосов и звуков (мономанэ-дзюцу), плавания (суйэй-дзюцу), быстрого бега (хайагакэ-дзюцу) и прочим навыкам. Отдельно идёт ка-дзюцу — применение смесей и взрывчаток, что было в то время особенно недостойным приличного человека делом. По этому, самураи ничего из выше перечисленного не занимались — так и складывались традиции и школы нин-дзюцу, мощная система стратегического шпионажа и военной разведки.
Неудивительно, что в кастовом обществе подобных людей исключили из системы — откровенно говоря, они были немного лучше «неприкасаемых», зарабатывавших обработкой кож и убиением скота. Было принято считать, что общение с «нечистым» очернит человека и весь его род. В результате семью, занимающуюся нин-дзюцу, обозначали нин-кэ, и проживали они обычно обособлено (например — дом Ига, один из самых знаменитых среди ниндзя). Многие семьи (кланы) обладали своим стилем, своим искусством — это обозначается словом «рю». Однако традиции частенько выходили за границы клана. К примеру, Ига-рю имело распространение на несколько домов. Правительство само создавало секретные организации для воспитания идеологически преданных исполнителей. А европейская литература все термины обзывает «школа ниндзюцу», что сбивает с толку непосвященных читателей.
Если исключить мифы «Кодзики» с устными легендами, то первые существующие школы этого искусства возникли в XIV-XV веках, а окончательно оформились в конце XV. Наибольшую популярность имели 25 школ, европейцам знакомы только две из них — семей Хаттори из провинций Ига и Кога. Они очень похожи между собой и даже ссылались на одну и ту же энциклопедию мудрости ниндзя, но стоит показать существующие между ними различия. Кога-рю делало упор на искусство шпионажа — синоби-но дзюцу. Тут производились самые сложные яды и галлюциногенные составы. А школа Ига-рю делала упор на боевые искусства, что и представляется «стандартным ниндзей» в понимании европейца. Следующая по популярности — провинция Кии, давшая два направления в учении: Нэгора-рю и Сайга-рю; в современном понимании, приверженцы Нэгора-рю были самыми настоящими террористами. Именно они содействовали Оде Нобунаге в штурме монастырей, применяя согласно летописям, мушкеты — а огнестрельное оружие в то время не котировалось. А Сайга-рю были опорой Икко-икки (демократов-отщепенцев) и были пиратами. За что и были ликвидированы Одой Нобунагой. Отсюда следует вывод, что нин-дзюцу — совсем не монолитное учение.
За частое применение ниндзя в своих замыслах современники считали Оду нехорошим, бессовестным человеком. Однако куда бессовестнее поступал Иэясу Токугава: услуги ниндзя он использовал тайно, а после прихода к власти и вообще построил полицейское государство, назначив на ключевые посты верхушку членов клана Кога. При сёгунате Токугава нин-дзюцу как боевое шпионское искусство утратилось, идеология его была уничтожена вместе с внутренними войнами, а кланы — ликвидированы. В 1649 году уничтожили и последнюю его опору на острове Кюсю. В результате, ниндзя как историческое явление просуществовали всего около двух столетий — конечно, достаточно, но многие люди почему-то считают, что должно быть больше. Однако, многие техники (приёмы) применялись в войне Босин, и до сегодняшних дней успешно используются полицией Японии.